Λόγω του ιδιαίτερου ενδιαφέροντος που έχει η γεωμορφολογία καθώς και η χλωρίδα και πανίδα του Νομού Χανίων με πάρα πολλά σπάνια και ενδημικά είδη, ένα σημαντικό μέρος του έχει υπαχθεί σε περιοχές προστατευόμενες από την Ελληνική και Ευρωπαική νομοθεσία.

 

Στο Ευρωπαικό πρόγραμμα NATURA 2000 που προβλέπει μεγάλους περιορισμούς σε οικιστικές ή οικονομικές δραστηριότητες είναι ενταγμένα:

• Ο υγροβιότοπος της λίμνης της Αγιάς , δίπλα στα Χανιά και στις παρυφές της περιοχής του Δήμου Πλατανιά προς τα ανατολικά,
• Η φυσική λίμνη του Κουρνά στο ομώνυμο χωριό της περιοχής του Αποκόρωνα στο 40 ο χιλιόμετρο προς Ρέθυμνο.
  
• 

  Λίμνη Κουρνά
  Τα νησιά Γαύδος και Γαυδοπούλα τα ακρότατα σημεία της Ευρώπης, στο Λυβικό πέλαγος, 24 ναυτικά μίλια από την Χώρα Σφακιών και την Παλαιόχωρα, κοντά στα νότια παράλια του Νομού Χανίων.
• Η περιοχή Ελαφονήσι 75 χλμ νοτιοδυτικά από την πόλη των Χανίων. Ένας σπάνιος βιότοπος με μοναδικό τοπίο, ενδημικά φυτά και μοναδική στην Ευρώπη βλάστηση από κέδρους.